Med operativ risk avses risken att förfaringssätt, personalresurser eller datasystem inte fungerar eller fungerar bristfälligt. Externa riskfaktorer (t.ex. strömavbrott) ingår i hanteringen av operativa risker. Som en del av hanteringen av de operativa riskerna upprätthåller Statskontoret aktuella processbeskrivningar med kontrollpunkter.
Statskontoret följer upp operativa risker som inträffat och bedömer regelbundet hur allvarliga de är. En viktig del av hanteringen av operativa risker är att fatta beslut om korrigerande åtgärder och följa upp hur de förverkligas.
Statskontoret ansvarar även för kontinuiteten i skuldförvaltningsprocesserna. Det upprätthåller en kontinuitetsplan för att säkerställa att skuldförvaltningsprocesserna fungerar även vid störningar.